塞力斯新闻动态

为客户提供最新医疗资讯和优质服务

牛津大学生物学家最新研究 | LeviCell™显著提升单细胞测序数据质量

2023/06/09









在Dr. Agne Antanaviciute刚接触LeviCell?带来的悬浮科技时,首先进行了结合多组学研究Cite-seq中常见的Cell Hashing流程的兼容性分析。如下图所示,同时对4个人肠道组织样本的Cite-seq检测时,分别进行LeviCell?富集和不富集两种路径,然后开展10X Chromium建库和后续测序分析。


结果如下图显示,LeviCell?活细胞富集后,依然可以获得全部4个样本的单细胞转录组和蛋白质表达信息,且跟未进行富集的样本结果相对应,充分说明使用LeviCell?进行活细胞富集跟Cite-seq中的Cell Harshing流程兼容。


Cite-seq:英文全称为Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing。该技术可以在单细胞水平将转录组信息与细胞表面蛋白信息通过测序的方法联合起来,达到同时检测细胞表面的蛋白质信息与胞内转录组信息的目的。该技术相较于单独的单细胞转录组测序而言,更加深入的区分细胞异质性、更精确地挖掘特异性的细胞类型。


Cell Hashing: Cell Hashing是一种细胞染色技术,用于在测序过程中对不同样本来源的细胞进行多路染色。每个单克隆抗体都与一个短DNA寡核苷酸结合并识别标记一种细胞,其中的寡核苷酸含有相同的序列条形码,也被称为hashtagoligo(HTO)。HTOs用于将标记细胞与其来源样本关联起来。


Cite-seq和Cell Hashing的主要流程可以参见下图。







Dr. Agne Antanaviciute进一步验证了LeviCell?活细胞富集对单细胞转录组测序的结果提升。研究人员使用配对的6组样本,其中2组使用LeviCell?进行活细胞富集,另外4组不进行富集,结果(下图右下角柱状图)显示LeviCell?能够显著提升通过QC标准的有效细胞数量,获得更多有生物学价值的数据。



接着的scRNA聚类分析中细胞类型统计显示,LeviCell?并没有特定的筛选某一种类型的细胞,而是保持了各细胞类群的原始占比。这也说明LeviCell?是无差别的富集活细胞,最大程度的保存样本的原始生物学性状。


在后续的验证中,Dr. Agne Antanaviciute使用Leviselect CD45应用于低质量的肠道样本去除试剂盒来对比流式分选的效果。结果显示,LeviCell?能明显提升后续的单细胞转录组测序结果,甚至在部分样本中比流式分选多产出了5倍的有效细胞数量。


由于流式分选的方式过于剧烈,对细胞的杀伤力太严重,牛津的科研人员又对比了相对温和的磁珠分选。但是,作者发现磁珠分选跟她们的Cite-seq和Cell Hashing的流程并不兼容——经磁珠分选去除死细胞后,蛋白质的信息可以获得并进行细胞类群的分析,但是转录组数据却无法追溯到对应的HTOs(即标记的样本)。因此,科研人员发现磁珠分选的方式并不适用于她们的多组学分析流程。






LevitasBio

关于力微拓

About LevitasBio?

力微拓(上海)生命科学澳门新萄京下载是塞力斯医疗科技集团股份澳门新萄京下载(603716.SH)与美国LevitasBio?在中国上海设立的集研发、生产、分销、市场推广、应用支持及售后服务为一体的合资公司,致力于将目前全球炙手可热的单细胞分析市场中的领先技术——美国LevitasBio?所独创的细胞分离、分选、富集系统LeviCell?引入中国。




XML 地图 | Sitemap 地图