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LeviCell™ 应用场景 | 助力多组学研究,重塑行业天花板

2023/03/23



传统多组学研究中,存在两个最主要的天花板限制因素——首先,就是如何保存样本的细胞活性和原始表型。传统的流式分选中的流程是,单个细胞经由喷嘴喷出->高频振荡形成液滴->高压电场中偏转->高速落入样本收集管等多个超高压步骤。这整个分选过程中,脆弱的细胞犹如坐上了过山车,很容易造成活性降低和表型改变。



其次,虽然单细胞测序为科研人员提供了大量的生物学信息,但是这些信息都是缺失了空间和时间等维度的瞬时数据。如何把多种组学信息有效地整合起来,提供一个真实完整的机体功能调控全景图就显得格外重要。


今天小力就带大家一同探究未来突破科研行业天花板的可能方法。



LeviCell?革新性的悬浮技术平台,使用低于1 psi的压力即可通过简单的三个步骤在20 分钟内实现完全无接触、无标记的分选过程。整个过程中依靠纯物理的方式,无需抗体,细胞在磁力场和悬浮液等带动下,从下图左边起始的混沌状态快速地形成不同细胞群的分层(如下图右边的终末状态)。分选完成后的细胞活性和原始表型都得以很好的保存,是突破研究天花板的重要方法





【作者】:Krausgruber et al.

【发表年份】:2023年

【影响因子】(IF):43.474

【文献链接】:https://doi.org/10.1016/j.immuni.2023.01.014

【所在院校】:Medical University of Vienna


澳门新萄京下载今天分享的这篇高分文章正是科研人员整合多组学信息,来获得生物机体实现功能调控全景图的一个优秀范例,可以为澳门新萄京下载进行多组学研究实验,设计和数据整合提供一个很好的思路。


文章作者通过12个肉芽肿病人的皮肤活检样本进行了单细胞转录组测序(scRNA-seq)、空间组学和原位免疫荧光染色等多种检测数据的整合,构建了下图(图二)的肉芽肿内免疫细胞和成纤维细胞等形成的细胞相互作用的全景图,说明了肉芽肿形成的机制和潜在治疗方法。


图一  文章中应用的多组学方法

图二  最终绘制出的肉芽肿组织内细胞作用网络



细胞作用网络的思路划重点

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首先,作者通过对比病人的病灶组织和该病人正常皮肤组织以及健康人样本的单细胞转录组数据,发现病人病灶中异常高表达的细胞群体是巨噬细胞、Th17.1细胞以及成纤维细胞。

接着,作者根据scRNA-seq数据中这三类异常高表达细胞类型的聚类分析,找到那些与病灶形成高度相关的亚群。

然后对这些病灶形成相关的巨噬、Th17.1和成纤维细胞的亚群中基因集富集分析(GSEA)。

再进一步,作者通过生物信息学等方法,找到那些高表达基因可能涉及的分子调控通路。

最后这些分子调控通路可以通过空间组学和免疫荧光的方法进一步得到验证,并添加进空间的维度信息


相信LeviCell?技术在之后的多组学研究中还将发挥重要作用,帮助科研人员实现样本数据的真实有效性,进一步助力生物学意义的发现。






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